هیأت امنا بالاترین رکن سیاستگذاری و تصمیم‌گیری پژوهشکده است که ترکیب، وظایف و اختیارات آن در قانون تشکیل هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی و اساسنامه پژوهشکده (اصلاحیه مورخ ۱۳۸۳/۶/۲۴) به‌شرح زیر تعیین شده است.

ترکیب هیأت امنا

• ۱. رئیس کل بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران (رئیس هیأت امنا)
• ۲. وزیر علوم، تحقیقات و فناوری یا نماینده وی
• ۳. رئیس سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور یا نماینده وی
• ۴. سه تا پنج تن از شخصیت‌های علمی- فرهنگی، محلی اجتماعی و یا کشوری که نقش مؤثری در توسعه و پیشرفت پژوهشکده داشته باشند
• ۵. رئیس پژوهشکده (دبیر هیأت امنا)

تبصره۱: حداقل دو تن از شخصیت‌های مذکور در بند (۴) باید از اعضای هیأت علمی دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی باشند.
تبصره۲: اعضای مذکور در بند (۴) به پیشنهاد رئیس کل بانک مرکزی و تأیید و حکم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری برای مدت ۴ سال منصوب می‌شوند و در یک زمان حداکثر می‌توانند عضو دو هیأت امنا باشند. پیشنهاد و انتصاب مجدد آنان بلامانع است و تا زمانی‌که اعضای جدید منصوب نشده‌اند همچنان به وظایف قانونی خود ادامه می‌دهند.

وظایف و اختیارات هیأت امنا

• تدوین و تصویب آئین‌نامه‌ی داخلی هیأت امنا
• تصویب سازمان و تشکیلات پژوهشکده بر اساس ضوابط و مقررات مربوط
• بررسی و تصویب بودجه‌ پژوهشکده، که از طرف رئیس پژوهشکده پیشنهاد می‌شود
• تصویب بودجه‌ تفصیلی پژوهشکده
• تصویب حساب‌ها و ترازنامه سالیانه پژوهشکده
• تصویب نحوه‌ وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن با رعایت ضوابط و مقررات مربوطه
• تصویب دستورالعمل‌های اجرایی آیین‌نامه مالی و معاملاتی پژوهشکده (با رعایت ماده ۱۲ اساسنامه)
• پیشنهاد میزان فوق‌العاده‌های اعضای هیئت علمی پژوهشکده به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری برای تأیید
• تعیین نحو‌ه اداره واحد‌های تولیدی، خدماتی، کارگاهی و ... در چارچوب ضوابط و مقررات مربوطه
• تعیین میزان حق‌التحقیق،‌ حق‌التدریس،‌ حق‌الترجمه، حق‌التألیف و نظایر آن با رعایت ضوابط و مقررات مربوطه
• بررسی گزارش عملکرد سالیانه پژوهشکده که از طرف رئیس پژوهشکده ارائه می‌شود و اظهارنظر نسبت به آن